Il mondo ormai è a conoscenza dei titani e dell’agenzia governativa Monarch istituita per controllarli a seguito di quando accaduto a San Francisco. La lotta che vide il mostro Godzilla contro i M.U.T.O., ha distriutto la città e sterminato milioni di vite umane, tra le quali il figlio della paleobiologa Emma Russel. Questa che lavora per la Monarch e vive assieme alla figlia lontana dal marito, si unisce a un gruppo di ecoterroristi il cui piano è liberare tutti i titani, così da distruggere gran parte del mondo conosciuto e salvare l’ambiente dal collasso a cui l’essere umano sembra averlo destinato. Toccherà nuovamente a Godzilla combattere per la supremazia e il comando sui titani, scontrandosi direttamente con il “mostro zero”: Ghidorah.
